El tipo más común de intolerancia a la fructosa es muy similar a la intolerancia a la lactosa. En este caso la fructosa ingerida no es absorbida por el cuerpo a través del intestino delgado. La fructosa es absorbida desde el intestino usando una proteína transportadora específica. Cuando esta proteína o bien no esta presente o se ha vuelto inactiva, la fructosa no es absorbida y alcanza el intestino grueso.
En el intestino grueso, la fructosa es rápidamente fermentada por las bacterias intestinales (microflora intestinal) a ácidos y gases, predominantemente hidrógeno y dióxido de carbono. Estos gases causan los principales problemas; flatulencia, hinchazón y dolor abdominal. La diarrea es común.